通常情況下，進行超聲內鏡檢查并不會很痛苦，因超聲內鏡是將內鏡探頭插入消化道進而獲取消化道圖像的檢查方式，通常在檢查過程中，被檢查者會保持清醒狀態。

超聲內鏡是消化科常用的介入性檢查方法，其工作原理類似于胃鏡，而不同于胃鏡，超聲內鏡是無創性的檢查方法，其操作較為方便，也沒有痛苦。此外，超聲內鏡比較細膩，可以彎曲式操作，且可以在檢查過程中實時動態觀察消化道病變。

一般情況下，進行超聲內鏡檢查前會讓被檢查者口服瀉藥，目的是使腸道排空或不透光，有利于觀察黏膜情況。此外，超聲內鏡比較方便且沒有輻射，因此在檢查過程中一般不會感到痛苦。但如果被檢查者存在以下幾種情況時，可能會比較痛苦，此時建議進行全身麻醉后再進行檢查：

1、患有胸腔積液：由于超聲內鏡需要將探頭伸入胸腔內進行檢查，因此存在胸腔積液的患者在進行超聲內鏡檢查時會比較痛苦，積液較多時可能會引起呼吸困難等不適;

2、存在膽管狹窄：進行超聲內鏡檢查時，需要將超聲探頭經口伸入膽管狹窄處，此時可能會比較痛苦，甚至會導致膽管梗阻;

3、局部黏膜增生：如果檢查過程中，發現局部黏膜增生或息肉樣病變時，可能需要進行病理活檢，此時也會比較痛苦;

4、患有食管癌：由于超聲內鏡可以對食管內病變進行診斷，所以患有食管癌的患者在檢查過程中一般不會感到痛苦。

此外，建議被檢查者在進行超聲內鏡檢查前禁食8小時以上，且應避免飲用咖啡、濃茶等飲品，以免影響檢查結果或出現嘔吐等情況，從而導致檢查過程中出現危險。