超聲內鏡檢查一般不會很痛，因為超聲內鏡是無創檢查，患者一般不會感覺到痛苦，醫生會根據患者的具體情況讓患者進行配合檢查。超聲內鏡是一種新型的消化內鏡，其較多功能主要用于胃腸道、食管、小腸等上消化道的疾病的診斷。

1、胃腸道疾病：如食管、胃、十二指腸等部位的疾病，可通過超聲內鏡進行檢查，可以較為清晰地顯示病變部位、病理改變、病情嚴重程度等。由于沒有傳統內鏡檢查那么直觀，所以一般不會很痛苦，但可能會有惡心、嘔吐等不適癥狀;

2、食管疾病：如食管狹窄、食管憩室、食管腫瘤等疾病，可通過超聲內鏡進行檢查。由于是在直視下進行檢查，所以一般不會出現很痛苦的癥狀，但可能會有惡心、嘔吐等不適癥狀;

3、胃腸道疾病：如潰瘍性結腸炎、克羅恩病等疾病，可通過超聲內鏡進行檢查。潰瘍性結腸炎等病變可在病變處出現黏膜充血、水腫、糜爛等表現，還可觀察到病變部位的腸管。克羅恩病等疾病可在病變處出現特征性肉芽腫影，超聲內鏡對病變的觀察更為清晰。這類疾病治療時通常會應用藥物治療，有時也會應用超聲內鏡進行治療，所以患者一般不會感到痛苦;

4、小腸疾病：如小腸潰瘍、小腸套疊等疾病，可通過超聲內鏡進行檢查。小腸潰瘍患者可見腸壁水腫、節段性、跳動性改變等，而小腸套疊患者可見腸壁光滑、完整性，但由于病變部位腸管不規則蠕動，所以可能會出現腹痛癥狀。

此外，超聲內鏡技術還可用于對不明原因的腫瘤、息肉等進行檢查，是比較先進的一種檢查手段，通常不會帶來痛苦。